По требованию прокуратуры Онгудайского района Республики Алтай на территории муниципального образования «Онгудайский район» создан независимый административно автономный, организационно самостоятельный и равноудаленный от всех ветвей власти контрольный орган контрольно – счетная палата муниципального образования «Онгудайский район».
Данное требование основывалось на нормах Федерального закона от 07.02. 2011 № 6 - ФЗ «Об общих принципах организации и деятельности контрольно – счетных органов субъектов РФ и муниципальных образований», вступившего в силу 1 октября 2011 г., который призван отрегулировать отношения, связанные с осуществлением на местах внешнего финансового контроля.
Ранее финансовый контроль осуществлялся контрольно – счетной комиссией, которая являлась органом Совета депутатов района (аймака) муниципального образования «Онгудайский район», созданным для обеспечения деятельности Совета депутатов по осуществлению его контрольных функций в области бюджетного устройства и бюджетного процесса.
По протесту прокуратуру Онгудайского района Республики Алтай отменено решение Совета депутатов района (аймака) муниципального образования «Онгудайский район» от 15.02. 2006 № 24 – 3 «Об утверждении Положения о контрольно – счетной комиссии муниципального образования «Онгудайский район» и 28.11.2011 на сессии Совета депутатов района (аймака) муниципального образования «Онгудайский район» принято новое Положение о контрольно – счетной палате муниципального образования «Онгудайский район».